En el curs alt del riu Tordera, trobem aigües força netes, amb concentracions de contaminants baixes degut a la protecció del massís del Montseny per ser una reserva de la biosfera. Si bé, podem trobar algun focus de contaminació degut a l'abocament d'alguna canonada d'aigües residuals, tot i que la majoria d'aigües d'ús domèstic són tractades per les Estacions Depuradores d'Aigües Residuals a cadascún dels municipis. Trobem ja extraccions d'aigua superficial per a ús domèstic i de regadiu, i d'extracció d'aigua de pous per embotellar l'aigua (n'és un exemple "Aigua del Montseny").
El curs mitjà (a partir aproximadament de Sant Celoni) del riu va rebent aigües de la Riera de Gualba (amb una reclosa a Santa Fé del Montseny, municipi de Fogars de Montclús), la Riera d'Arbúcies, la Riera de Vallgorgina, la Riera de Pertegàs i la de Breda, rieres on han estat abocades aigües d'origen residual, i on en alguns casos l'aigua prèviament ha estat tractada per EDARs, i en d'altres tristament no, per tant, són zones on es pot observar una DBO* i DQO* més alta del normal, menys percentatge d'Oxigen dissolt al riu(a causa d'això s'han trobat molts cops peixos morts degut a la contaminació pel dèficit d'Oxigen), i puntualment s'han trobat en alguns anàlisis químics presència de metalls pessants als peixos com és el Cadmi, d'origen antròpic, a més de l'elevada càrrega de metalls que conté el riu de manera natural a causa de la dissolució d'aquests compostos en l'aigua al circular per roques encaixants amb concentracions elevades de metalls com és el Ferro i el Manganès.
A la vegada el cabal del riu es redueix per culpa de la forta pressió ambiental deguda a les extraccions d'aigües dels aqüífers a diversos municipis per a l'ús de regadiu i domèstic, com és el municipi de Sant Celoni amb una densitat de població força elevada. En alguns casos s'ha arribat al cabal mínim ecològic (o fins i tot en períodes estivals o de sequera per sota d'aquest), un cabal imprescindible de mantenir per tal que els ecosistemes no es vegin alterats a grans trets.
El curs baix del riu comença al municipi d'Hostalric. El riu rep aigües de la riera de Santa Coloma, però a la vegada, s'impideix que el cabal augmenti per part d'extraccions d'aigua al municipi de Tordera, de l´ús d'aigua pel conreu, i per ús ramader, per tant, cal esperar una qualitat de les aigües subterrànies (no es menciona la superficial perque només en porta en periodes de plujes) molt baixa , on sobretot es elevada la concentració de fosfats i nitrats degut a l'abocament d'aigües residuals i a la lixiviació dels sòls poc controlats utilitzats per cultivar i per a l'explotació agrícola.
Al tram final del riu, trobem aqüífers molt explotats, amb gran conductivitat elèctrica degut a la presència de sals procedents d'intrusions marines en l'aqüífer; aquesta sobreexplotació, sobretot és deguda a l'elevada densitat de població turista concentrada en els mesos d'estiu que abasteixen les poblacions de l'alt Maresme, i bona part de municipis de la Costa Brava. Per tal de solucionar aquest problema d'abastiment d'aigua, el 2003 es va inaugurar per part del MINISTERI DE MEDI AMBIENT, la dessaladora de blanes,per tal de produir uns 10 hectòmetres cúbics anuals; però cal mencionar que comporta greus problemes ambientals a la zona més propera al litoral, trobant concentracions de salsmorres molt elevades.
En conclusió, és un dels altres rius més de Catalunya amb forta influència antròpica...
DBO*: demanda biològica d'oxigen
DQO*: demanda química d'oxigen
